ADAGIo est une équipe du LORIA créée depuis janvier 2006 suite à la restructuration des anciennes équipes Adage et Modbio. La thématique directrice de cette équipe porte sur l'algorithmique discrète. Construire un modèle discret d'un problème ou d'un phénomène du monde réel fait appel, sur le plan mathématique, aux structures discrètes, telles que graphes, mots, arbres, ensembles de points dans un espace, etc. L'étude des diverses propriétés de ces structures est l'objectif principal de cette équipe.
En tant qu'informaticiens, nous nous intéressons tout particulièrement aux propriétés algorithmiques, à savoir comment vérifier algorithmiquement si notre objet mathématique possède une caractéristique donnée ou comment calculer des fonctions définies dans notre modèle. Nous nous intéressons à l'efficacité (complexité) des calculs impliqués, c'est-à-dire au temps et aux autres ressources utilisés par l'algorithme pour aboutir à un résultat.
La bioinformatique et l'imagerie nous servent d'une part de source de problèmes et d'autre part de domaines privilégiés pour tester et appliquer nos méthodes et algorithmes.
Les systèmes d'acquisition d'images (appareils photo numériques, scanners, ou IRM médicaux) échantillonnent le monde réel sur des grilles régulières en 2 ou 3 dimensions. Nous nous intéressons aux notions et objets discrets sous-jacents aux problèmes de détection, d'analyse ou de reconnaissance, conservant la réversibilité entre le monde discret et le monde analogique. Plus particulièrement, nous étudions l'estimation de caractéristiques sur ces objets discrets (courbure, normale, périmètre, surface, orientation, nombre de concavités, ...) pour résoudre des problèmes de traitement d'images ou de modélisation géométrique.
La structure des macromolécules biologiques (ADN, ARN, protéines)
se présente sous la forme d'un enchaînement linéaire d'éléments
constituants qui appartiennent à un petit nombre de types.
Cette découverte de la génomique a débouché sur l'adoption d'un modèle
discret : dans leur forme linéaire, ces molécules sont représentées par
des chaînes de lettres tirées d'un alphabet de petite taille, nommées
séquences.
Nous avons travaillé sur la recherche de propriétés biologiques,
décrites à l'aide de motifs, reflétées au niveau des séquences.
Par ailleurs, nous avons étudié la structure tridimensionnelle
secondaire (repliement sur elles-mêmes) et tertiaire (repliement
dans l'espace) des macromolécules ainsi que leurs propriétés
géométriques.
Ce domaine d'application est actuellement en veille dans l'équipe,
suite au départ de plusieurs membres.